A distribuição do programa Mais Médicos é desigual dentro das cidades. As unidades básicas de saúde do interior e das periferias de grandes municípios são as prioridades do programa. Mas na capital paulista, por exemplo, metade dos profissionais selecionados optou por trabalhar em bairros menos periféricos e com, no máximo, quatro plantões vagos. Nos extremos da cidade, há postos que chegam a ter 16 plantões vagos.

A Prefeitura ofereceu uma lista de 80 endereços aos médicos participantes, que tiveram autonomia para escolher seu posto de trabalho. Desse modo, bairros do extremo da zona leste, como Jardim Romano, Cidade Tiradentes e Guaianases, ficarão de fora dessa primeira fase.